Identifikasi Molekuler Gen 16S rRNA Isolat Bakteri Termofilik Pendegradasi Inulin

Pada saat ini gen 16S rRNA telah digunakan untuk mengidentifikasi bakteri secara molekuler. Tujuan penelitian ini adalah menentukan kelompok species bakteri termofilik isolat BB3 berdasarkan sekuen gen 16S rRNA. Penelitian ini merupakan jenis penelitian eksperimen. Isolat bakteri BB3 diremajakan dan diisolasi DNA kromosomnya. DNA kromosom bakteri dapat dideteksi menggunakan elektroforesis DNA. Konsentrasi DNA kromosom bakteri dapat diperkirakan secara kualitatif, yakni membandingkan dengan ketebalan pita DNA marker 1 kb DNA Ladder. Konsentrasi DNA kromosom isolat bakteri termofilik BB3 diperkirakan sekitar 25 ng/µL. Gen 16S rRNA isolat bakteri termofilik BB3 diamplifikasi menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Produk PCR (amplikon) dideteksi menggunakan elektroforesis DNA. Konsentrasi amplikon gen 16S rRNA isolat bakteri termofilik BB3 diperkirakan sekitar 100ng/ µL. Gen 16S rRNA isolat bakteri termofilik BB3 disekuensing menggunakan metode dideoxy-Sanger. Urutan basa nukleotida gen 16S rRNA isolat bakteri termofilik BB3 dibaca menggunakan program DNAStar. Urutan basa nukleotida yang telah dibaca menggunakan DNAStar lalu dianalisis menggunakan program BLASTn, Custal Omega, dan Mega6. Hasil analisis menunjukkan isolat bakteri termofilik BB3 termasuk kelompok species Bacillus gelatini.