Identifikasi Pocket Druggable Protein NS3 Protease Virus Dengue dan Interaksinya dengan Senyawa Inhibitor Secara In Silico

Virus dengue termasuk ke dalam kelompok famili Flaviviridae genus Flavivirus. Berdasarkan penelitian sebelumnya telah diketahui bahwa senyawa 4- hidroksipanduratin A dan panduratin A memiliki daya inhibisi untuk menghambat replikasi NS3 protease, namun kantung protein yang memiliki residu asam amino yang berperan sebagai active site (pocket druggable) serta interaksinya dengan senyawa 4-hidroksipanduratin A dan panduratin A belum diketahui. Pada penelitian ini dilakukan penentuan residu asam amino yang berperan sebagai sisi pengikatan pada protein NS3 protease menggunakan server metapocket versi 2.0 dan interaksi protein NS3 protease dengan senyawa 4-hidroksipanduratin A dan panduratin A secara in silico menggunakan software MOE 2009.10. Berdasarkan hasil penelitian diketahui bahwa protein NS3 protease memiliki tiga sisi pengikatan potensial yang terdiri dari asam amino polar dan asam amino non polar. Secara berturut-turut sisi pengikatan potensial pertama; kedua; dan ketiga yaitu 25 polar dan 24 non polar; 19 polar dan 21 non polar; 8 polar dan 6 non polar. Hasil interaksi menunjukkan adanya ikatan hidrogen yang umumnya berasal dari residu asam amino polar yaitu Thr 59, Lys 33, Lys 26 pada pocket 1; Gln27, Thr 59, Lys 26, Lys 33 pada pocket 2; Gln88, Lys 145, Glu143 pada pocket 3, sedangkan ikatan hidrogen yang berasal dari residu asam amino non polar adalah Val 57 pada pocket 1 dan 2. Adanya ikatan hidrogen yang terbentuk antara residu asam amino yang bersifat polar pada komplek protein-inhibitor dihasilkan kompleks yang stabil dan interaksi yang lebih baik