Identifikasi Pocket Druggable Protein NS3 Protease Virus Dengue dan Interaksinya dengan Senyawa Inhibitor Secara In Silico

Virus dengue termasuk ke dalam kelompok famili Flaviviridae genus
Flavivirus. Berdasarkan penelitian sebelumnya telah diketahui bahwa senyawa 4-
hidroksipanduratin A dan panduratin A memiliki daya inhibisi untuk menghambat
replikasi NS3 protease, namun kantung protein yang memiliki residu asam amino
yang berperan sebagai active site (pocket druggable) serta interaksinya dengan
senyawa 4-hidroksipanduratin A dan panduratin A belum diketahui. Pada
penelitian ini dilakukan penentuan residu asam amino yang berperan sebagai sisi
pengikatan pada protein NS3 protease menggunakan server metapocket versi 2.0
dan interaksi protein NS3 protease dengan senyawa 4-hidroksipanduratin A dan
panduratin A secara in silico menggunakan software MOE 2009.10. Berdasarkan
hasil penelitian diketahui bahwa protein NS3 protease memiliki tiga sisi
pengikatan potensial yang terdiri dari asam amino polar dan asam amino non
polar. Secara berturut-turut sisi pengikatan potensial pertama; kedua; dan ketiga
yaitu 25 polar dan 24 non polar; 19 polar dan 21 non polar; 8 polar dan 6 non
polar. Hasil interaksi menunjukkan adanya ikatan hidrogen yang umumnya
berasal dari residu asam amino polar yaitu Thr 59, Lys 33, Lys 26 pada pocket 1;
Gln27, Thr 59, Lys 26, Lys 33 pada pocket 2; Gln88, Lys 145, Glu143 pada
pocket 3, sedangkan ikatan hidrogen yang berasal dari residu asam amino non
polar adalah Val 57 pada pocket 1 dan 2. Adanya ikatan hidrogen yang terbentuk
antara residu asam amino yang bersifat polar pada komplek protein-inhibitor
dihasilkan kompleks yang stabil dan interaksi yang lebih baik