Isolasi dan Sekuensing Gen 16S rRNA dari Genom Bakteri Pendegradasi Inulin pada Rizosfer Umbi Dahlia sp.

Identifikasi bakteri dapat dilakukan secara genotip menggunakan gen 16SrRNA. Langkah awal identifikasi bakteri dengan cara mengisolasi DNAkromosom bakteri pendegradasi inulin dari rizosfer umbi Dahlia sp. DNAkromosom bakteri digunakan sebagai template untuk amplifikasi gen 16S rRNAmenggunakan metode PCR. Amplikon yang dihasilkan dielektroforesismenggunakan gel agarosa. Pita gen 16S rRNA hasil elektroforesis dimurnikanmenggunakan metode Gel/PCR fragment DNA extraction kit. Gen 16S rRNAdikloning menggunakan vektor pGEM-T Easy menghasilkan DNA rekombinan.DNA Rekombinan ditransformasikan ke dalam sel kompeten. Keberhasilankloning dibuktikan dengan skrining koloni berwarna biru dan koloni berwarnaputih. DNA rekombinan yang mengandung gen 16S rRNA diisolasi dandimurnikan untuk disekuensing. Sekuensing gen 16S rRNA dilakukanmenggunakan metode Dideoxy-Sanger. Hasil sekuensing dianalisa urutan basanukleotida menggunakan software DNAStar. Urutan basa nukleotida gen 16SrRNA yang telah dianalisa terdiri dari 1501 bp (base pair). Urutan basanukleotida gen 16S rRNA dapat digunakan untuk identifikasi bakterimenggunakan progran BLASTn dan MEGA. Berdasarkan identifikasi, bakteripendegradasi inulin dari rizosfer umbi Dahlia sp. termasuk kelompok genusKlebsiella dan spesies Klebsiella pneumoniae.