Analisis Variasi Genetik Capsicum annum Aksesi Cibinong dan Laris dengan Teknik Touchdown RAPD PCR

Capsicum annum adalah salah satu komuditas hortikultura yang banyak
diminati dan memiliki banyak khasiat. Untuk itu dibutuhkan pengembangan
varietas tanaman ini dengan program pemuliaan tanaman. Variasi genetik
merupakan salah satu faktor keberhasilan program pemuliaan tanaman. Penanda
molekular DNA (Random Amplified Polymorphic DNA) merupakan salah satu
marka molekuler yang efektif digunakan dalam menganalisis variasi genetik.
Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif. Penelitian dilaksanakan dari
bulan Februari – April 2021 di Laboratorium Genetika dan Bioteknologi, FMIPA,
UNP. Sampel cabai yang digunakan sebanyak 4 aksesi yang terdiri dari
Cibining01, Cibinong02, Cibinong03 dan Laris. Primer yang digunakan yaitu
primer dari marka molekuler RAPD OPA02, OPA04, OPB12, OPE12, OPE14,
OPE15, OPJ20, OPC15, OPM09 dan OPN15. Teknik amplifikasi yang digunakan
adalah touchdown RAPD PCR. Produk PCR dianalisis menggunakan metode
elektroforesis pada gel agarosa 1% dengan 50 volt selama 2 jam. Analisis skoring
pita polimorfisme menggunakan sistem biner yaitu 0 untuk tidak ada (absence)
dan 1 untuk ada (presence). Hasil skoring digunakan untuk menganalisis
keragaman genetik dengan program aplikasi pengolahan data molekular PAST
4.05.
Hasil penelitian menunjukkan aksesi Cibinong dan Laris memiliki tingkat
polimorfisme keempat aksesi dari lima primer (OPA 02, OPB 12, OPC 15 , OPM
09 dan OPN 15) secara berurut adalah 46,66%, 46,66%, 78,94%, 60%, dan 100%.
Keempat aksesi Capsicum annum yang dianalisis dikelompokkan menjadi 2
klaster. Klaster 1 terdapat aksesi Cibinong03 dan Laris dan Klaster 2 terdapat
aksesi Cibinong01 dan Cibinong02. Cibinong01 dan Cibonong02 memiliki
koefisien kesamaan genetik 0,464 dan Cibinong01 dan Cibinong03 memiliki
koefisien kesamaan genetik 0,225 yang menandakan jarak genetik yang cukup
besar.