Desain Primer dan Optimasi Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Spesifik Salmonella sp. untuk Pengembangan Metode Deteksi Patogen pada Sampel Air Minum Isi Ulang

Salah satu parameter kualitas air minum yang layak dikonsumsi tidak tercemar oleh Salmonella sp. yang dapat menyebabkan infeksi pada saluran pencernaan (Salmonellosis). Pengujian analisis air menggunakan teknik PCR bersifat spesifik, sensitif, cepat dan cukup akurat mendeteksi dari asam nukleat target dalam sampel air minum. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer spesifik gen InvA Salmonella sp., menguji spesifisitas primer hasil desain secara in silico dan in vitro, menentukan kondisi PCR yang optimum untuk deteksi Salmonella sp., menguji sensitivitas metode PCR deteksi Salmonella sp dan menganalisis hasil sekuensing deteksi Salmonella sp. Jenis penelitian ini merupakan penelitian deskriptif yang dilakukan di Laboratorium Genetika dan Bioteknologi, Jurusan Biologi FMIPA UNP dari Desember 2020 - April 2021. Primer dirancang menggunakan software Geneious Prime dan Primer-BLAST NCBI. DNA diisolasi dari kultur murni Salmonella sp. dan beberapa bakteri lainnya untuk uji spesifisitas. Optimasi kondisi PCR dilakukan dengan PCR gradient, variasi konsentrasi primer, uji spesifisitas dan uji sensitivitas PCR. Produk PCR Salmonella sp. kemudian dikonfirmasi melalui metode sekuensing. Penelitian ini telah berhasil merancang primer spesifik Salmonella yaitu Salmonella_OY_Fwd 5’-CCGTCTTATCTTGATTGAAGCCG-3’ dan primer Salmonella_OY_Rev 5’-CGTCATGATATTCCGCCCCA-3’ dengan amplikon berukuran 559 bp. Primer hanya mengamplifikasi Salmonella sp. dan Salmonella enterica berdasarkan hasil uji spesifisitas secara in silico. Kinerja PCR optimum pada suhu annealing 59,5 0 C dengan konsentrasi primer 0,2 µM dan hasil akan spesifik menggunakan program Touchdown PCR dalam uji in vitro. Metode PCR sensitif mengamplifikasi DNA Salmonella sp. sampai konsentrasi 0,0005 ng/µl pada uji sensitivitas. Sekuensing menunjukkan bahwa gen yang diamplifikasi adalah gen InvA Salmonella sp.