Desain Primer Gen EDNRB Ekson 1 dan Optimasi PCR untuk Analisis Mutasi Gen pada Hirschsprung ’S Disease

Hirschsprung Disease (HSCR) ditandai dengan tidak adanya ganglia enterik, merupakan gangguan umum pada sistem saraf enterik (ENS) pada bayi. Mutasi pada gen Endothelin Receptor Type B (EDNRB) berperan dalam beberapa kasus penyebab HSCR, meskipun frekuensinya rendah. Mutasi yang ditemukan pada ekson 1 berupa mutasi missense. Penelitian ini bertujuan melakukan desain primer dan menentukan kondisi PCR optimum untuk amplifikasi gen EDNRB pada ekson 1. Jenis penelitian ini adalah deskriptif kualitatif dan penelitian dilakukan pada Oktober 2024 - Februari 2025 di Laboratorium Genetika dan Bioteknologi, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang. Desain primer dilakukan dengan menggunakan program Geneious Prime. DNA diisolasi dari manusia yang tidak terindikasi penyakit Hirschsprung selanjutnya dilakukan optimasi suhu annealing dan optimasi konsentrasi primer. Hasil penelitian diperoleh pasangan primer forward 5’-GAGTTCGGAGC TTTGCCT-3’ dan reverse 5’AGCCCACCATGATTTCAGC-3’ dengan panjang amplikonnya 879 bp. Secara spesifik mengamplifikasi gen EDNRB berdasarkan hasil uji spesitifitas secara in silico. Suhu annealing yang optimum adalah 57,7oC dan konsentrasi primer yang optimum adalah 0,7 μM.