Desain Primer Gen EDNRB Ekson 4 dan Optimasi PCR untuk Analisis Mutasi Gen pada Hirschsprung Disease

Hirschsprung Disease (HD) didefinisikan sebagai malformasi usus bawaan yang ditandai dengan tidak adanya sel ganglion enteric di usus besar yang disebabkan oleh gangguan perkembangan sistem saraf enterik. Hal ini mengakibatkan hilangnya kemampuan dilatasi dan peristaltik usus, sehingga feses terjebak pada bagian proksimal usus besar. Mutasi pada gen EDNRB menjadi penyebab terbanyak kedua setelah gen RET dalam kasus HD dengan persentase 5– 10%. Pada beberapa penelitian, mutasi ekson 4 gen EDNRB sering kali diidentifikasi sebagai penyebab HD. Untuk mendeteksi mutasi gen diperlukan produk PCR, dengan primer sebagai salah satu komponen dasarnya. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer gen EDNRB ekson 4 dan menentukan suhu annealing serta konsentrasi primer yang optimum untuk mengamplifikasi gen EDNRB ekson 4. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif yang dilakukan pada bulan Desember 2024 – April 2025, di Laboratorium Genetika dan Bioteknologi, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang. Primer didesain secara in silico menggunakan aplikasi Geneious Prime dan uji spesifisitas dengan Primer-BLAST pada situs NCBI. DNA diisolasi dari darah manusia normal. Kondisi PCR dioptimalkan melalui optimasi suhu annealing dan optimasi konsentrasi primer. Hasil dari penelitian ini diperoleh primer terbaik yaitu primer forward 5’- CAG TAA GTG TGG CCT GAA AG -3’ dan primer reverse 5’- GTG GAA CCG AAG TGA CTA GA -3’ yang menghasilkan amplikon berukuran 557 bp dan secara spesifik mengamplifikasi ekson 4 gen EDNRB. Kondisi PCR yang optimum untuk amplifikasi ekson 4 gen EDNRB berada pada suhu annealing 57,2 ℃ dan pada konsentrasi primer 0,5 μM.