Identifikasi Molekuler Gen 16S rRNA Isolat Bakteri Mesofilik Pendegradasi Inulin

Identifikasi bakteri dapat dilakukan secara molekuler menggunakan gen 16S rRNA. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan spesies dari isolat bakteri mesofilik pendegradasi inulin. Metode isolasi DNA kromosom bakteri dilakukan berdasarkan metode yang dimuat dalam Wizard Genomic DNA purification Kit. Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan metoda Polymerase Chain Reaction (PCR). Urutan basa nukleotida gen 16S rRNA bakteri mesofilik ditentukan berdasarkan metoda dideoxcy-Sanger. DNA kromosom bakteri hasil isolasi diidentifikasi dengan elektroforesis DNA. Urutan basa nukleotida gen 16S rRNA dibaca menggunakan progam DNASTAR dan dianalisis menggunakan program BLASTn, Custal Omega dan Mega 6. Konsentrasi DNA hasil isolasi ditentukan dengan cara membandingkan dengan ketebalan pita DNA marker 1 kb Ladder. Konsentrasi DNA kromosom bakteri mesofilik RZ-02 diperkirakan 50 ng/µL. Konsentrasi amplikon diperkirakan 3 kali lipat dibandingkan dengan DNA marker 1 kb Ladder yaitu sekitar 150 ng/µL. Hasil Identifikasi menunjukkan isolat RZ-02 bakteri mesofilik termasuk kedalam kelompok genus Spingobacterium multivorum.