%L repounp46112
%I Universitas Negeri Padang
%D 2025
%T Desain Primer dan Optimasi PCR Gen EDNRB Ekson 2 dan 3 untuk Analisis Mutasi Gen pada Hirschsprung Disease
%A Anisa Fitri
%X Hirschsprung Disease (HD) adalah suatu gangguan pada perkembangan dari sistem saraf enterik yang mempunyai karakteristik tidak adanya sel ganglion di submukosa dan pada dinding saluran pencernaan. Gen reseptor endothelin type B (EDNRB) adalah gen kedua yang paling banyak mengalami mutasi setelah RET dalam HD. Gen EDNRB terletak pada kromosom 13q22. Gen ini memiliki panjang 24 kilobasa dan terdiri dari 7 ekson dan 6 intron. Gen EDNRB mengkode subtipe reseptor berpasangan protein G, yang memiliki peran penting untuk perkembangan neuron enterik dan melanosit epidermis. Untuk mendapatkan hasil PCR yang akurat, diperlukan desain primer yang tepat dan spesifik. Penelitian ini bertujuan melakukan desain primer dan menentukan kondisi PCR optimum untuk amplifikasi gen EDNRB pada ekson 2 dan 3. Jenis penelitian ini adalah deskriptif yaitu memberi gambaran atau deskripsi mengenai desain primer gen EDNRB ekson 2 dan 3 serta optimasi PCR. Penelitian dilakukan pada bulan Maret - Mei 2025 di Laboratorium Genetika dan Bioteknologi, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang. Desain primer dilakukan dengan menggunakan program Geneious Prime. DNA diisolasi dari sampel darah manusia yang tidak terindikasi penyakit hirschsprung dan dilakukan optimasi suhu annealing serta optimasi konsentrasi primer. Penelitian ini berhasil mendesain sepasang primer dengan urutan nukleotida pada primer forward 5’-GGC TCA AGT TTG CTC TGA TG-3’ dan primer reverse 5’-GGA CCT GGT TTA TCT ATG CC-3’. Primer yang telah didesain memenuhi kriteria primer yang ideal, yaitu memiliki panjang basa 20 bp, %GC 50%, nilai melting temperature pada primer forward 57.1˚C dan pada primer reverse 55.3˚C dengan selisih Tm 1.8˚C, serta tidak memiliki Hairpin dan self-dimer. Berdasarkan uji spesifisitas secara in silico diketahui primer secara spesifik mengamplifikasi ekson 2 dan ekson 3 gen EDNRB dengan menghasilkan amplikon 966 bp. Suhu annealing yang optimum adalah 55,3˚C. Konsentrasi primer yang optimum adalah 1,1 μM.
%K DESAIN PRIMER DAN OPTIMASI PCR GEN EDNRB EKSON