Rahmayanti, Silvy
(2024)
Desain Primer dan Optimasi PCR Gen RET Ekson 10 Untuk
Hirschsprung Disease.
Skripsi thesis, Universitas Negeri Padang.
Abstract
Hirschsprung Disease (HD) merupakan suatu gangguan pada perkembangan dari sistem saraf enterik memiliki karakteristik tidak adanya sel ganglion di submukosa dan pada dinding saluran pencernaan. Mutasi gen RET merupakan kejadian yang paling umum dari penyakit Hirschsprung. Desain primer pada ekson 10 gen RET dengan RefSeq NM_020975.3. Namun RefSeq yang digunakan merujuk kepada mRNA RET pada pasien HD dengan kombinasi multiple endocrine neoplasia (MEN) dan medullary thyroid carcinoma (MTC). Oleh karena itu perlu dilakukan desain primer baru sesuai dengan refseq representative genomes yang baik untuk amplifikasi gen. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan desain primer secara in silico dan optimasi suhu annealing untuk amplifikasi gen RET pada ekson 10.
Jenis penelitian ini merupakan penelitian deksriptif dan dilakukan di Laboratorium Genetika dan Bioteknologi, Departemen Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang dari bulan Juli 2023 – Februari 2024. Primer didesain menggunakan aplikasi Geneious Prime. Selanjutnya kandidat primer dipilih sesuai dengan kriteria parameter primer yang baik. Untuk memperoleh suhu annealing yang optimal dilakukan amplifikasi menggunakan gradient PCR.
Hasil dari penelitian ini diperoleh primer yang dibuat menggunakan Geneious Prime menghasilkan primer terbaik yaitu primer forward 5’- AACACAGCGAGACTCCATCA-3’ dan reverse 5’- TGGCTACACGGACACTAAACC-3’ yang menghasilkan amplikon berukuran 737 bp. Dan secara spesifik mengamplifikasi gen RET berdasarkan hasil uji spesifisitas secara in silico. Suhu annealing yang optimum untuk amplifikasi gen RET adalah 56,5°C
Actions (login required)
 |
View Item |
