Aulia, Nurul
(2023)
Desain Primer Gen RET dan Optimasi pada Sampel
Pasien Hirschsprung’s Disease.
Skripsi thesis, Universitas Negeri Padang.
Abstract
Hirschsprung’s Disease (HD) adalah penyebab paling umum dari obstruksi
usus fungsional pada anak-anak dengan insiden di seluruh dunia berkisar antara
1:5000 dan 1:10.000 kelahiran hidup. Gen RET dianggap sebagai gen utama
penyebab HD. setidaknya 20% dari semua kasus penyakit HD disebabkan oleh
mutasi gen RET. Mutasi dapat berupa mutasi nonsense, mutasi missense, delesi dan
insersi. Mutasi pada suatu gen dapat dilacak dengan teknik sequencing. Primer
merupakan salah satu komponen yang penting untuk dilakukannya sequencing.
Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer spesifik gen RET, menentukan
kondisi PCR yang optimum untuk deteksi gen RET dan menguji spesifisitas metode
PCR.
Jenis penelitian ini merupakan penelitian deksriptif dan dilakukan di
Laboratorium Genetika dan Bioteknologi, Departemen Biologi FMIPA UNP dari
bulan Desember 2022 - April 2023. Primer dirancang secara in silico menggunakan
Primer BLAST pada NCBI (National Center for Biotechnology Information) dan
Geneious Prime. DNA diisolasi dari pasien HD. Kondisi PCR dioptimalkan melalui
optimasi suhu annealing dan optimasi konsentrasi primer. Sequencing dilakukan
terhadap sampel pasien Hirschsprung’s Disease.
Hasil dari penelitian ini adalah primer spesifik gen RET yaitu RET_EX4F 5’-
AAC ACA GCG AGA CTC CAT CA -3’ dan primer RET_EX4R 5’- TGG CTA
CAC GGA CAC TAA ACC -3’ yang menghasilkan amplikon berukuran 784 bp. Dan
secara spesifik mengamplifikasi gen RET berdasarkan hasil uji spesifisitas secara
insilico. Primer bekerja optimal pada suhu annealing 53.2°C konsentrasi primer
RET_EX4F dan RET_EX4R masing-masing 0,4 µM. Primer berhasil
mengamplifikasi secara spesifik gen RET dengan metode PCR secara in vitro.
Actions (login required)
 |
View Item |
